Kindle Paperwhiteで脚注がきちんと脚注番号にリンクされない（[1]のみリンクされ、それ以降はリンクされない）という問題が判明し、Kindle Direct Publishing側に対応方法を伺っておりましたが、ようやく以下のような回答を得ることができました。
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この脚注のリンクが機能しない問題は、Kindle Paperwhite を含む、Kindle電子書籍リーダー（E Ink(イーインク)ディスプレイを搭載した端末）にて発生しており、その他のKindle for PC、Fire端末、iOS端末、Android端末ではリンクが機能することを確認しております。
Kindle本の脚注のリンクの作成方法につきましては、「Amazon Kindle パブリッシング・ガイドライン」の「9.3.12 脚注のガイドライン」に記載がございますが、記載の通りに記述をご変更いただきましても、脚注の問題が解消されない可能性がございます。
Amazonでは、現在、脚注のリンク機能等のKindle本の機能をより多くの本で利用できるようにするための取り組みを進めております。準備ができしだい、お客様の本でも自動的に脚注のリンク機能が有効になる予定です。
このたびは、ご期待にそえるご回答を差し上げることができず、誠に心苦しい限りでございますが、何卒、ご理解、ご了承いただけますようお願いいたします。
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ということで、
・不具合はKindle電子書籍リーダーにのみ生じていること
・データ作成者側では対応が難しい問題であること
・Kindle側も問題を認識していて、その件を含む改善に
現在取り組んでいること
現在取り組んでいること
が分かりました。
Kindle Paperwhiteを含むKindle電子書籍リーダーでお楽しみいただいている方々には、今しばらくご不便をおかけすることになり、誠に申し訳ありませんが、一日も早いKindle側の対応を待ちたいと思います。